1、首先排气扇只能实现局部短时间的排气，没有组织合理的压力场和气流路径，因而无法实现真正意义上的空气置换。新风系统是通过送风口和排风口，合理组织室内气流，让室内空气长时间有序流动，包括室内死角的空气也可以循环流动起来，从而实现空气置换的目的可以24小时不断运转。
2、排气扇噪音很大，因为排风扇电机功率较大，风量也较大，短时间内会产生很大的噪音，如果长时间开，会造成环境噪音污染。但是新风系统主机因为风量合理，噪音较小，而且封闭在吊顶空间内，阻断了噪音的传播，不会对人造成影响，晚上睡觉也可以开到最小档，实现24小时通风换气。
3、排气扇只能将室内的空气抽出去，这样时间稍微长了，室内回形成负压状态，室内会缺氧，人呆着回有不舒服的感觉；新风系统可以在排除污浊空气的同时，带入新鲜的室外空气，而且进入的空气是经过过滤和净化处理的，这样呼吸起来会更顺畅。
4、排气扇的的面板比较大，每个房间如果都装一个的话，回影响室内的美观，但是新风系统只有在室内各个房间装一个送风口和回风口，不会对房间的整体装饰有影响。
